Phòng thí nghiệm vi sinh của Khuê Nam được thiết kế và trang bị đầy đủ các trang thiết bị, kết hợp cả kỹ thuật truyền thống lẫn hiện đại nhằm đáp ứng nhu cầu phân tích hầu hết các chỉ tiêu vi sinh.
Công ty Khuê Nam được nhận chứng chỉ công nhận là đánh giá phù hợp với các yêu cầu của ISO/IEC 17025:2017 về lĩnh vực Hóa - Sinh, mã số VILAS 911